Ce projet propose un pipeline de traitement de données RNA-Seq pour passer des données brutes FASTQ à une table de comptage de gènes. Il inclut des étapes de prétraitement, de contrôle qualité, de mapping, de quantification et de détection de variants génétiques.

Ce pipeline d'analyse utilise Snakemake pour le traitement de données RNAseq et la détection de gènes différentiellement exprimés. Il prend en charge les données paired-end provenant d'un séquenceur Illumina HiSeq et utilise des outils tels que prinseq, cutadapt, STAR, HTSeq, DESeq2 et ClusterProfiler.

FLORA est un workflow FAIR et évolutif permettant l'analyse de données RNAseq du projet AMOCYST en utilisant des outils et des méthodes statistiques de pointe en transcriptomique pour effectuer des analyses reproductibles avec Nextflow. Le workflow commence par le traitement des lectures RNAseq brutes en utilisant Rcorrector pour la correction. Ensuite, les lectures non corrigées sont supprimées à l'aide d'un script Python. La contamination rRNA est également supprimée en utilisant Bowtie2 et la base de données SILVA avant un processus de filtrage de la qualité des lectures en utilisant Trim Galore. Enfin, l'assemblage du transcriptome est effectué en utilisant Trinity.

Le projet gatk4 est un package bioinformatique utilisé pour l'identification de variations génétiques, telles que les SNPs et les indels, dans les données d'équ consequences germline et RNAseq. Il inclut des utilitaires pour le traitement et le contrôle de qualité des données d'équ consequences, ainsi que le populaire kit d'outils Picard. Sa portée s'étend maintenant à l'appel de variations somatiques courtes et à la gestion des variations du nombre de copies (CNV) et des variations structurales (SV).

Pipeline permettant d'analyser l'expression génique et la spécificité de l'expression génique des organites (C-to-U édition de l'ARN, épissage et traitement) à partir des données RNAseq. Il effectue des étapes de cartographie et de comptage et une analyse différentielle pour l'expression génique, l'épissage et l'édition.