Le projet deep-sequoia est un outil d'analyse de données génétiques dédié à la recherche en bio-informatique. Il permet le traitement et l'interprétation de données massives issues de séquençage à haut débit.

Ce projet fournit un algorithme pour le traitement et l'analyse de données de séquençage génomique, permettant la détection de variantes et l'alignement de séquences. Il offre une solution robuste et efficace pour la gestion de données de séquençage haut débit.

RANOMALY est un package R dédié à l'analyse de la diversité microbienne. Il permet de traiter et d'interpréter des données issues de séquençage à haut débit, en particulier pour les gènes 16S et ITS. Il intègre des méthodes statistiques avancées et des algorithmes d'apprentissage automatique pour détecter et caractériser les espèces microbiennes présentes dans un échantillon.

Le projet seascape_course_cloud est une plateforme d'analyse de données génomiques marines. Il permet aux utilisateurs de traiter et d'analyser des données de séquençage à haut débit pour détecter des structures populationnelles chez les organismes marins et construire des cartes génétiques pour l'étude des paysages.

Fq2dna est un outil en ligne de commande écrit en Bash qui facilite l'assemblage de novo des génomes d'archées, de bactéries ou de virus à partir de données de séquençage à haut débit (HTS) en gérant tous les pré et post-traitements des données.

HTSeq est une bibliothèque Python permettant de faciliter le traitement et l'analyse de données provenant d'expériences de séquençage à haut débit. Elle permet de gérer et de traiter ces données de manière efficace.

Le projet sra-tools est un ensemble d'outils en ligne de commande permettant l'analyse et le traitement de données de séquençage à haut débit. Il inclut le SRA Toolkit et le SDK de NCBI, et permet la gestion et la manipulation de données du SRA (Sequence Read Archive). Ce projet est utilisé dans la recherche en biologie des séquences.

Kb est un workflow pour le pré-traitement des données de séquençage d'ARN unicellulaire. Le pré-traitement des données de séquençage d'ARN unicellulaire implique l'association des lectures avec leurs cellules d'origine, le regroupement des lectures en fonction des identifiants moléculaires uniques (UMIs) et la génération de comptages de gènes ou de caractéristiques à partir des lectures pour générer une matrice cellule x gène.

Cutadapt est un outil bioinformatique permettant de traiter des données de séquençage haut débit en supprimant des adaptateurs spécifiques. Il est utilisé en amont de l'analyse de données de génomique et permet d'améliorer la qualité des données en supprimant les séquences d'adaptateurs indésirables.

Le projet nanopack est un conteneur qui regroupe trois outils pour le traitement et l'analyse de données de séquençage longue : NanoPlot, NanoComp et NanoStat. Ces outils permettent de plotter des données de séquençage longue, de comparer des jeux de données et de calculer des statistiques.