Splitfastq est un outil en ligne de commande conçu pour fragmenter des fichiers FASTQ, utilisés en génomique pour stocker des séquences d'ADN. Il permet de diviser ces fichiers en sous-ensembles de données, facilitant ainsi leur traitement parallèle par des logiciels comme bwa. L'outil est particulièrement utile pour accélérer les analyses de séquençage en répartissant la charge de calcul sur plusieurs processus.

Outil dédié à l'analyse et au traitement de données génomiques. Il permet d'extraire et de calculer la longueur des gènes à partir de fichiers GTF, facilitant ainsi les études en bioinformatique et génétique. Ce projet s'adresse principalement aux chercheurs et biologistes travaillant sur des séquences d'ADN.

GRAAL est une bibliothèque C++ en en-tête unique conçue pour manipuler des banques génomiques et des modèles de k-mers. Elle permet de créer, stocker et analyser des séquences ADN à partir de fichiers FASTA ou FASTQ, avec des fonctionnalités avancées comme l'encodage compact de l'ADN et la gestion de collections de banques. Utilisée pour des analyses génomiques, elle facilite le traitement de grandes quantités de données biologiques.

BPM est un logiciel spécialisé dans la recherche exacte de motifs génétiques dans l'ADN. Il permet d'indexer des milliers de motifs génétiques pour les retrouver rapidement dans des génomes complets. L'outil est optimisé pour traiter des génomes bactériens en moins d'une seconde, même avec des centaines de milliers de motifs à rechercher. Il est particulièrement utile pour l'analyse génomique, la détection d'allèles ou la comparaison de séquences.

Ce projet permet d'automatiser le traitement et l'analyse de données génomiques en mappant des séquences ADN sur un génome de référence. Il génère des résultats structurés pour comparer des jeux de données biologiques, facilitant ainsi la recherche en génomique et en bioinformatique. Les utilisateurs peuvent configurer des paramètres spécifiques pour adapter les analyses à leurs besoins.

Ce projet combine les fonctionnalités de dada2 et FROGS pour analyser des données génomiques, identifier des espèces à partir de séquences d'ADN et générer des rapports sur la composition des échantillons. Il est capable de traiter les données 16S et ITS.

Pipeline bioinformatique conçu pour traiter des données ATAC-seq en paire chez l'humain. Il permet d'effectuer un contrôle qualité des échantillons, l'alignement des séquences, l'appel de pics pour identifier les régions d'ADN ouvert, et la génération d'un hub pour visualiser les résultats sur le navigateur génomique UCSC. Le pipeline intègre également des outils d'annotation des pics et produit un rapport multiQC pour évaluer la qualité des données.

Ce projet permet d'aligner et comparer des séquences d'ADN, facilitant ainsi la recherche de similarités et l'analyse de variations génétiques. Il offre une interface interactive pour visualiser les résultats et optimiser les alignements.

Le projet rosepigs_stomach est dédié à l'analyse de données issues de séquençage pour les ARN (RNA-seq) et la méthylation de l'ADN (EM-seq). Il s'appuie sur les pipelines nf-core/rnaseq et nf-core/methylseq pour assurer un traitement robuste et reproductible des données.

Pipeline de traitement de données de séquençage d'ADN en mode séquençage unique (Single-end) utilisant BWA pour l'alignement et GATK pour l'identification des variations génétiques. Il produit des rapports de qualité de séquençage et permet de filtrer les variations génétiques selon des critères prédéfinis.