Outil d'analyse bioinformatique dédié au traitement de données RNAseq. Il permet d'aligner des séquences d'ARN sur un génome de référence et de quantifier l'expression des gènes. Le pipeline automatise les étapes clés comme le prétraitement des données, l'alignement avec STAR et le comptage avec HTSeq-Count. Il génère des rapports détaillés pour évaluer la qualité des données et les résultats d'analyse.

Outil dédié à l'analyse et à la détection de virus à ARN, notamment les coronavirus, en utilisant des pipelines bioinformatiques automatisés. Il permet de traiter des séquences génomiques pour identifier des régions spécifiques et contribuer à la recherche virologique et épidémiologique.

EMOTE-tk est une bibliothèque R conçue pour étudier avec précision les extrémités 5' et 3' des ARN à résolution nucléotidique via des données de séquençage ciblé. Elle permet de pré-traiter les lectures FASTQ, d'aligner les séquences sur des références, de générer des tableaux de comptage des extrémités d'ARN, et d'effectuer des analyses en aval comme l'identification de sites de transcription ou l'analyse de signaux périodiques.

Pipeline d'analyse pour le séquençage ARN (RNAseq) permettant d'identifier les gènes différentiellement exprimés entre des échantillons biologiques. Il traite des données brutes issues de séquençage Illumina HiSeq, nettoie les séquences, aligne les lectures sur un génome de référence, compte les gènes et réalise des annotations fonctionnelles via des bases de données comme GO et KEGG. Utilisé principalement en recherche biomédicale et en génomique fonctionnelle.

Outil dédié à l'analyse de données de séquençage ARN à cellule unique (scRNA-seq). Permet le traitement primaire et secondaire des données, incluant la détection de doublets cellulaires, l'installation d'environnements bioinformatiques et l'intégration de pipelines d'analyse. Utilisé principalement dans la recherche biomédicale et la génomique.

Kb est un workflow pour le pré-traitement des données de séquençage d'ARN unicellulaire. Le pré-traitement des données de séquençage d'ARN unicellulaire implique l'association des lectures avec leurs cellules d'origine, le regroupement des lectures en fonction des identifiants moléculaires uniques (UMIs) et la génération de comptages de gènes ou de caractéristiques à partir des lectures pour générer une matrice cellule x gène.

Le projet rosepigs_stomach est dédié à l'analyse de données issues de séquençage pour les ARN (RNA-seq) et la méthylation de l'ADN (EM-seq). Il s'appuie sur les pipelines nf-core/rnaseq et nf-core/methylseq pour assurer un traitement robuste et reproductible des données.