Le pipeline wf-illumina-nf permet d'effectuer le contrôle qualité de données issues de séquenceurs Illumina. Il s'utilise après le pipeline NGS_Illumina qui réalise le démultiplexage des données brutes. Le pipeline wf-illumina-nf requiert cinq éléments en entrée : un dossier avec des fichiers fastq par projet, le fichier SampleSheet.csv, le dossier des sorties Nextflow, le fichier de paramètres params.config et le fichier de configuration fastqScreen.

Ce pipeline d'analyse utilise Snakemake pour le traitement de données RNAseq et la détection de gènes différentiellement exprimés. Il prend en charge les données paired-end provenant d'un séquenceur Illumina HiSeq et utilise des outils tels que prinseq, cutadapt, STAR, HTSeq, DESeq2 et ClusterProfiler.

Le projet only_obitools est une reproduction de la pipeline bioinformatique utilisée par SPYGEN pour générer des données sur la présence environnementale des espèces à partir de données brutes d'eDNA. Cette pipeline est basée sur OBItools, un ensemble d'outils python conçus pour analyser les sorties de séquenceurs de nouvelle génération (illumina) dans le contexte de la métabarcoding d'ADN.

Ce projet contient les données nécessaires à un tutoriel sur l'analyse de données de métabarcoding produites sur des séquenceurs Illumina. Il permet aux utilisateurs de s'exercer à l'analyse de ces données et de comprendre les différentes étapes du processus.