Annuaire des initiatives
Pertinence
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- Le projet zouk est une application dédiée à la visualisation et à l'analyse de données scientifiques, en particulier dans les domaines de l'imagerie et de la spectrométrie. Il permet de contrôler des instruments de laboratoire, d'afficher et de manipuler des images et des spectres, ainsi que d'effectuer des mesures et des analyses.
- PAPPSOms++ est une bibliothèque C++ complète comprenant des fonctions utiles pour gérer les données de spectrométrie de masse, que ce soit dans un contexte protéomique ou pour la visualisation de données. Les abstractions incluent les peptides, les protéines, les clusters isotopiques, les spectres de masse...
- Tumba est un logiciel d'analyse de spectres et de calibration d'instruments. Il permet de visualiser, d'analyser et de calibrer des données provenant d'instruments de mesure. Il offre des fonctionnalités telles que la sélection d'éléments, la définition d'énergies, la gestion de ROIs (régions d'intérêt) et la génération de rapports.
- Ensemble d'outils pour l'analyse des données métaprotéomiques générées par des instruments de spectrométrie de masse de haute throughput. Ces outils permettent de regrouper les abondances de peptides et protéines, exprimées en comptages spectraux, et de les manipuler en groupes de métaprotéines. Les informations obtenues peuvent être représentées à l'aide de fonctions de visualisation multiples pour afficher le paysage métaprotéomique global et différencier les échantillons ou conditions en termes d'abondance de métaprotéines, de niveaux taxonomiques et/ou d'annotation fonctionnelle.
- Ce projet permet d'analyser la concentration de drogues dans des bactéries à partir d'images obtenues par microscopie à fluorescence. Il suit la méthode décrite par Julia et al. dans l'article « Spectrofluorimetric quantification of antibiotic drug concentration in bacterial cells for the characterization of translocation across bacterial membranes » publié dans Nature Methods en 2018. Le projet permet de traiter les images (enregistrement et segmentation des bactéries) et de stocker les données dans un fichier HDF. Un visualiseur utilisant des widgets Jupyter est ensuite utilisé pour analyser les données.
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