Ce projet permet de générer des variantes structurales dans une population à partir d'un fichier VCF et d'obtenir un fichier VCF final avec les séquences de variantes structurales et les génotypes de la population. Le code peut être lent et doit être exécuté sur un cluster pour générer une grande population. Un image Singularity peut être créée pour faciliter l'exécution du code.

Acoustic GUI est une interface graphique Java permettant de lancer un programme Python d'analyse acoustique de vidéos de poissons. Il permet de visualiser les données acoustiques et de suivre les populations de poissons.

Ce projet vérifie l'intégrité des séquences à paire d'extrémités en comptant le nombre de lignes dans les fichiers fastq1 et fastq2 et en effectuant une vérification md5sum. Il est basé sur Snakemake et prend en charge plusieurs fichiers fastq pour chaque échantillon.

Pipeline de traitement de données de séquençage d'ADN en mode séquençage unique (Single-end) utilisant BWA pour l'alignement et GATK pour l'identification des variations génétiques. Il produit des rapports de qualité de séquençage et permet de filtrer les variations génétiques selon des critères prédéfinis.

Système d'information pour la gestion des données phénotypiques et workflows de recherche en agriculture.

Ce projet propose un pipeline de traitement de données RNA-Seq pour passer des données brutes FASTQ à une table de comptage de gènes. Il inclut des étapes de prétraitement, de contrôle qualité, de mapping, de quantification et de détection de variants génétiques.

Le pipeline RNASeq est un outil d'analyse de données de séquençage RNA. Il permet de prétraiter les lectures, de vérifier leur qualité, de les mapper sur un génome de référence et de générer une table de comptage de gènes.

Ce projet fournit un dépôt de code source contenant des modules Snakemake réutilisables et interopérables, permettant l'automatisation de workflows bioinformatiques et la gestion de pipelines de données.

Ce projet fournit un dépôt de code source contenant des modules Snakemake réutilisables et interopérables, permettant l'automatisation de workflows bioinformatiques et la gestion de pipelines de données.

Le projet wgs_gatk est un pipeline de traitement de données de séquençage d'ADN en mode paired-end Illumina. Il permet de passer des données brutes au format fastq à un fichier vcf contenant les variations génétiques identifiées, en suivant les bonnes pratiques de GATK. Le pipeline est géré par Snakemake et utilise SLURM pour l'exécution parallélisée des tâches.