Ce projet implémente le modèle déterministe proposé par Darrigade et al. (2021) pour décrire la dynamique cellulaire dans la muqueuse intestinale, ainsi que sa sensibilité aux paramètres. Il fournit des notebooks Jupyter pour la résolution du modèle et l'analyse de sensibilité, avec des explications et des rappels sur l'article original.

Meta-analyse de données multi-omiques pour explorer l'évolution du génome de la pomme après un doublement du génome complet. Les workflows d'analyse comprennent l'identification de blocs synténiques, l'analyse de la fractionation des gènes, l'analyse des loci de caractères quantitatifs, l'estimation des modèles d'évolution à l'aide de Ka/Ks, l'analyse de l'expression (RNA-seq), l'analyse des éléments transposables, l'analyse du méthylome (BS-DNAseq) et une analyse intégrative.

Code compagnon à la publication 'Inferring characteristics of bacterial swimming in biofilm matrix from time-lapse confocal laser scanning microscopy', Ravel et al. Il contient deux notebooks : le premier implémente des trajectoires de bactéries nageant dans un biofilm synthétique, infère les paramètres du modèle et compare les résultats avec les données synthétiques d'origine ; le second notebook reproduit le graphique 2 de l'article à partir des images post-traitées de microscopie.

Ce projet suit les modifications apportées à une instance Galaxy, dans le cadre de la conception d'un cadre de production.