Seqtk est un outil léger et rapide pour le traitement de séquences biologiques au format FASTA ou FASTQ. Il prend en charge la lecture des deux formats de fichiers, qui peuvent être compressés avec gzip. Il est utilisé dans l'analyse de données biologiques, telles que l'alignement de séquences, le filtrage de données, etc.

Ce pipeline snakemake permet le traitement de données ATAC-seq en vue de l'analyse de régions fonctionnelles dans le génome. Il comprend des étapes de contrôle qualité, d'alignement sur le génome de référence, de filtrage des séquences, d'appel de pics et de visualisation sur le navigateur UCSC.

Ce projet est un workflow Snakemake pour l'analyse de données de séquençage bisulfite. Il implémente l'alignement des séquences, le filtrage des adaptateurs, la génération de rapports de qualité, et l'identification de différences de méthylation entre échantillons.

Ce projet utilise un workflow de gestion de pipeline Snakemake pour traiter les données RADseq provenant du projet RESERVEBENEFIT. Il inclut des scripts pour l'alignement des séquences, le filtrage des clones et l'analyse des populations à l'aide de STACKS 2.2, BWA 0.7.17 et SAMTOOLS 1.9.

Outil d'alignement de séquences biologiques permettant de rechercher des similarités entre plusieurs séquences et de visualiser les résultats sous forme d'alignements multiples.

Ce projet permet d'aligner et comparer des séquences d'ADN, facilitant ainsi la recherche de similarités et l'analyse de variations génétiques. Il offre une interface interactive pour visualiser les résultats et optimiser les alignements.

Genome_aln est un workflow écrit en Nexflow dsl2, optimisé pour les ressources informatiques et destiné à être utilisé sur une ferme informatique avec un scheduler Slurm. Il permet le prétraitement de données de séquençage d'ADN, y compris le contrôle de la qualité et le retranchement des adaptateurs, l'alignement des lectures sur un génome de référence, le filtrage des lectures et la normalisation des fichiers bigWig.