Ce projet vise à fournir des ressources génomiques pour l'étude des poissons méditerranéens. Il comprend des scripts et des outils pour l'assemblage de génomes nucléaires, le traitement de données RAD-seq, et le calcul de statistiques sur les SNPs.

MindTheGap est un outil développé par l'équipe Genscale de l'INRIA qui permet la détection et l'assemblage d'insertions variantes dans des jeux de données NGS par rapport à un génome de référence. Il est conçu pour détecter des insertions de toutes tailles, qu'elles soient nouvelles ou dupliquées, homozygotes ou hétérozygotes dans le génome donneur. Il prend en entrée un ensemble de lectures et un génome de référence et produit en sortie deux ensembles de séquences FASTA : l'un est l'ensemble des points de rupture des sites d'insertion détectés, l'autre est l'ensemble des séquences assemblées pour chaque point de rupture.

ASSU est un outil en ligne de commande écrit en Bash permettant de réaliser l'assemblage de référence-guidé de segments SSU 16S à partir de données de séquençage à haut débit (HTS) de génomes bactériens ou archéens. Cet outil a été développé pour compenser l'échec de plusieurs programmes _de novo_ d'assemblage à assembler des segments non fragmentés de SSU lorsque le génome séquencé contient différentes copies de 16S rRNA avec des séquences variables, en particulier lors de l'utilisation de courtes données HTS.

Le projet culebront_pipeline est dédié à l'assemblage et l'analyse de génomes à partir de lectures longues. Il offre des fonctionnalités d'analyse et de visualisation de données génomiques, permettant une meilleure compréhension des données et facilitant la prise de décision dans le domaine de la génomique.

Ce projet vise à collecter et à assembler des génomes de différentes espèces à partir de données NGS. Il utilise différents assembleurs et méthodes pour comparer les résultats et optimiser les paramètres d'assemblage. Le projet comprend également des outils pour évaluer la qualité des assemblages génomiques.

Un workflow Snakemake pour l'assemblage de génomes à des fins pangenomiques utilisant des données PacBio HiFi, avec préparation des données et scripts d'exécution.

Le projet kissplice2refgenome est un outil d'analyse génomique permettant l'analyse de génomes de référence, la détection de variantes génétiques et la cartographie d'assemblages génomiques. Il s'appuie sur des algorithmes avancés pour fournir des résultats précis et fiables.

Fq2dna est un outil en ligne de commande écrit en Bash qui facilite l'assemblage de novo des génomes d'archées, de bactéries ou de virus à partir de données de séquençage à haut débit (HTS) en gérant tous les pré et post-traitements des données.

Minimap2 est un programme d'alignement de séquences polyvalent qui aligne des séquences ADN ou ARN contre une grande base de données de référence. Les cas d'utilisation typiques incluent : (1) la cartographie de lectures PacBio ou Oxford Nanopore sur le génome humain ; (2) la recherche d'overlaps entre lectures longues avec un taux d'erreur allant jusqu'à ~15% ; (3) l'alignement de lectures PacBio Iso-Seq ou Nanopore cDNA ou Direct RNA de manière sensible aux splice contre un génome de référence ; (4) l'alignement de lectures Illumina simples ou appariées ; (5) l'alignement d'assemblages entre eux ; (6) l'alignement de génomes entiers entre deux espèces étroitement apparentées avec une divergence inférieure à ~15%.

Canu est un logiciel de bioinformatique open-source utilisé pour l'assemblage de génomes à partir de données de séquençage à haut débit, en particulier pour les données de séquençage à longues lectures produites par des technologies telles que PacBio et Oxford Nanopore. Il s'agit d'une fourche du Celera Assembler, optimisé pour gérer les hauts niveaux de bruit associés à ces technologies.