Ce projet fournit un environnement cloud dédié à l'atelier d'assemblage de données génomiques du MNHN. Il permet aux utilisateurs de déployer des machines virtuelles préconfigurées avec les outils nécessaires pour traiter, assembler et analyser des séquences génomiques. L'objectif est de standardiser et d'automatiser les processus d'assemblage pour les chercheurs et étudiants impliqués dans des projets de bioinformatique.

ASSU est un outil en ligne de commande écrit en Bash permettant de réaliser l'assemblage de référence-guidé de segments SSU 16S à partir de données de séquençage à haut débit (HTS) de génomes bactériens ou archéens. Cet outil a été développé pour compenser l'échec de plusieurs programmes _de novo_ d'assemblage à assembler des segments non fragmentés de SSU lorsque le génome séquencé contient différentes copies de 16S rRNA avec des séquences variables, en particulier lors de l'utilisation de courtes données HTS.

MindTheGap est un outil développé par l'équipe Genscale de l'INRIA qui permet la détection et l'assemblage d'insertions variantes dans des jeux de données NGS par rapport à un génome de référence. Il est conçu pour détecter des insertions de toutes tailles, qu'elles soient nouvelles ou dupliquées, homozygotes ou hétérozygotes dans le génome donneur. Il prend en entrée un ensemble de lectures et un génome de référence et produit en sortie deux ensembles de séquences FASTA : l'un est l'ensemble des points de rupture des sites d'insertion détectés, l'autre est l'ensemble des séquences assemblées pour chaque point de rupture.

ROCK est un outil en ligne de commande conçu pour normaliser numériquement les données de séquençage haut débit (HTS). Il permet de réduire et d'homogénéiser la couverture des lectures génomiques en filtrant les séquences redondantes ou de mauvaise qualité. Idéal pour préparer des données avant un assemblage de génome de novo, il améliore l'efficacité et la précision des analyses génomiques en éliminant les artefacts et les contaminations.

Outil bioinformatique spécialisé dans l'assemblage de novo de génomes à partir de lectures longues et bruitées. Conçu pour traiter rapidement des données génomiques complexes, il permet aux chercheurs et laboratoires d'obtenir des séquences génomiques complètes et précises. Idéal pour les projets de séquençage à haut débit nécessitant une reconstruction fiable des génomes.

Outil dédié à l'assemblage de génomes à partir de données de séquençage. Il permet de reconstruire des séquences génomiques de référence en analysant des fichiers FASTA contenant des lectures. Le projet prend en charge les données avec ou sans erreurs de séquençage et propose des fonctionnalités comme le filtrage de k-mers et la création d'index pour faciliter l'analyse.

Pipeline itératif d'assemblage génomique conçu pour étendre des contigs initiaux à partir de lectures Illumina et de séquences de référence. Il permet de reconstruire des génomes plastidiens, des gènes histones ou des gènes cibles à partir de données de séquençage à faible couverture. Le processus utilise des cycles d'alignement, d'extraction et d'assemblage pour améliorer progressivement les contigs jusqu'à obtenir des séquences optimales.

Contig_info est un programme en ligne de commande écrit en Bash permettant d'estimer rapidement plusieurs statistiques descriptives à partir de fichiers de séquences FASTA issues de méthodes d'assemblage génomique _de novo_. Les statistiques estimées comprennent le nombre de séquences, les comptages de résidus nucléotidiques, les teneurs en AT et GC, les longueurs de séquences, ainsi que des mesures de continuité telles que l'auN, les N50, L50, NG50, et LG50.

Canu est un logiciel bioinformatique spécialisé dans l'assemblage de séquences génomiques à partir de données de séquençage à haut bruit, notamment issues de technologies de séquençage de troisième génération. Il est conçu pour traiter des données de séquençage à molécule unique, offrant une solution robuste pour les projets de génomique nécessitant une haute précision malgré un bruit élevé dans les données.

Minimap2 est un programme d'alignement de séquences polyvalent qui aligne des séquences ADN ou ARN contre une grande base de données de référence. Les cas d'utilisation typiques incluent : (1) la cartographie de lectures PacBio ou Oxford Nanopore sur le génome humain ; (2) la recherche d'overlaps entre lectures longues avec un taux d'erreur allant jusqu'à ~15% ; (3) l'alignement de lectures PacBio Iso-Seq ou Nanopore cDNA ou Direct RNA de manière sensible aux splice contre un génome de référence ; (4) l'alignement de lectures Illumina simples ou appariées ; (5) l'alignement d'assemblages entre eux ; (6) l'alignement de génomes entiers entre deux espèces étroitement apparentées avec une divergence inférieure à ~15%.