Ce projet automatise l'indexation et le contrôle qualité des génomes et annotations génétiques. Il génère des index nécessaires aux outils d'analyse en aval, évalue la qualité des assemblages génomiques via des métriques comme la complétude (BUSCO) et la contiguïté (QUAST), et produit des rapports détaillés pour faciliter la comparaison et le suivi des données génomiques. Destiné aux chercheurs et institutions en biologie moléculaire.

Ce projet propose un workflow automatisé pour l'assemblage de génomes à partir de données de séquençage PacBio HiFi. Il permet de générer des assemblages haplotypiques complets, d'évaluer leur qualité et de produire des rapports détaillés. Les outils intégrés couvrent la préparation des données, l'assemblage, le contrôle qualité et la visualisation des résultats, adaptés aux besoins de la recherche génomique et de la bioinformatique.

Pipeline bioinformatique conçu pour traiter des données ATAC-seq en paire chez l'humain. Il permet d'effectuer un contrôle qualité des échantillons, l'alignement des séquences, l'appel de pics pour identifier les régions d'ADN ouvert, et la génération d'un hub pour visualiser les résultats sur le navigateur génomique UCSC. Le pipeline intègre également des outils d'annotation des pics et produit un rapport multiQC pour évaluer la qualité des données.

Genome_aln est un workflow écrit en Nexflow dsl2, optimisé pour les ressources informatiques et destiné à être utilisé sur une ferme informatique avec un scheduler Slurm. Il permet le prétraitement de données de séquençage d'ADN, y compris le contrôle de la qualité et le retranchement des adaptateurs, l'alignement des lectures sur un génome de référence, le filtrage des lectures et la normalisation des fichiers bigWig.

CELIA est un workflow bioinformatique utilisé pour automatiser les assemblages de génomes de procaryotes à partir de données Illumina. Il permet de faire un contrôle qualité des données, d'assembler le génome, de rechercher des contaminants, d'évaluer la qualité de l'assemblage, de faire une annotation structurale et de rechercher des antibiotiques et des métabolites secondaires.

Outil dédié à l'analyse et au contrôle qualité des données issues du séquençage nanopore. MONAqc permet de traiter simultanément plusieurs runs de séquençage, en générant des rapports comparatifs et des visualisations interactives. Il facilite l'évaluation des performances des échantillons et l'identification des anomalies, optimisant ainsi les processus de recherche et de diagnostic en génomique.

Nf-ribolace est un pipeline bioinformatique conçu pour analyser les données de profilage ribosomique générées avec la technologie RiboLace. Il permet de traiter des fichiers FASTQ issus de séquençage, d'effectuer des étapes de contrôle qualité, de découpage des séquences, d'alignement sur un génome de référence et de déduplication. Le pipeline produit un rapport de qualité complet pour évaluer la qualité des données à chaque étape du traitement.

Fastp est un outil bio-informatique permettant le prétraitement de données génomiques au format FASTQ. Il offre des fonctionnalités complètes telles que le contrôle qualité, la suppression d'adaptateurs, le recoupement, le filtrage et le tri des séquences.

Ce pipeline snakemake permet le traitement de données ATAC-seq en vue de l'analyse de régions fonctionnelles dans le génome. Il comprend des étapes de contrôle qualité, d'alignement sur le génome de référence, de filtrage des séquences, d'appel de pics et de visualisation sur le navigateur UCSC.