Ce projet vise à étudier l'impact des erreurs d'imputation dans une méta-analyse en simulant des données avec une structure LD spécifiée et en générant des scores Z estimés. Il comprend également des scripts pour filtrer les cohortes européennes, effectuer un liftover vers hg37, et imputer des signaux à l'aide de données simulées ou réelles.

SAMBA est un workflow FAIR et évolutif qui intègre des méthodes bioinformatiques et statistiques de pointe pour la réalisation d'analyses reproductibles d'eDNA à l'aide de Nextflow. Le workflow vérifie l'intégrité des lectures brutes et des métadonnées, effectue toutes les étapes de bioinformatique à l'aide de procédures couramment utilisées (QIIME 2 et DADA2) et ajoute de nouvelles étapes utilisant dbOTU3 et microDecon pour créer des tableaux de compte ASV de haute qualité. Des analyses statistiques étendues sont également effectuées. Enfin, SAMBA produit un rapport HTML complet et dynamique incluant les ressources utilisées, les commandes exécutées, les résultats intermédiaires, les analyses statistiques et les figures.

Bootcode_parser est un script Python conçu pour effectuer une analyse hors ligne rapide des enregistrements de démarrage utilisés par les systèmes basés sur BIOS (UEFI n'est pas pris en charge). Il est destiné à aider l'analyste à trier les dumps d'enregistrements de démarrage individuels ou les images disque entières. Ce script ne détecte que les anomalies qui doivent être étudiées manuellement par un analyste.

Hazel est un projet de formalisation Coq visant à vérifier des bibliothèques d'analyse numérique, telles que l'analyse définie par la règle et la différentiation automatique. Il définit un langage de programmation formel avec des effets et développe une logique de programmes pour raisonner sur les programmes qui peuvent effectuer des effets.

Ce projet utilise TensorFlow et scikit-learn pour effectuer des analyses et classifications de données, en particulier du texte, grâce au traitement du langage naturel avec des outils tels que gensim et NLTK.

Le projet geovdata est un package public dédié à l'analyse de données provenant de Geovistory. Il permet d'effectuer des analyses approfondies sur des données géospatiales et historiques, facilitant ainsi la recherche et la visualisation de tendances temporelles et spatiales.

Ce pipeline a été développé pour effectuer une analyse RNA-seq à partir de fichiers FASTQ issus de la séquence NGS. Il est entièrement basé sur l'utilisation de Nextflow et peut être utilisé sur n'importe quelle distribution Linux.

Le package gatk4 version 4.1.9.0 est un ensemble d'outils en ligne de commande pour l'analyse de données de séquençage haut débit, avec un accent particulier sur la découverte de variantes. Les outils peuvent être utilisés individuellement ou enchaînés dans des workflows complets. L'installation du package est effectuée via Miniconda3 V4.7.12, et les exécutables sont disponibles dans /opt/miniconda/bin et dans le PATH. Un conteneur Singularity est également disponible pour faciliter le déploiement et l'exécution de l'outil.

FastQC est un outil d'analyse de données de séquençage haut débit. Il vise à fournir une méthode simple pour effectuer des contrôles qualité sur les données brutes issues de ces pipelines. Il propose un ensemble modulaire d'analyses qui permettent d'obtenir une première impression de la qualité des données et d'identifier rapidement d'éventuels problèmes avant d'entreprendre toute analyse plus poussée.

Timbuk est un cadre de vérification régulier basé sur les Automates d'Arbres et les Systèmes de Réécriture de Termes. Il fournit un ensemble de bibliothèques pour créer et manipuler des Automates d'Arbres et des TRS, effectuer une analyse de faisabilité à l'aide de l'Algorithme de Complétion, et calculer des abstractions capables de vérifier des propriétés de sécurité sur des programmes fonctionnels de haut niveau.