Outil dédié à l'assemblage de génomes à partir de données de séquençage. Il permet de reconstruire des séquences génomiques de référence en analysant des fichiers FASTA contenant des lectures. Le projet prend en charge les données avec ou sans erreurs de séquençage et propose des fonctionnalités comme le filtrage de k-mers et la création d'index pour faciliter l'analyse.

Ce projet permet de traiter des données génomiques pour filtrer et assembler des séquences virales, notamment celles du SARS-CoV-2. Il automatise le filtrage des lectures génomiques et l'assemblage de génomes à partir de fichiers FASTQ et FASTA, facilitant ainsi l'analyse bioinformatique des données génomiques.

SeqKit est un outil bioinformatique multiplateforme et ultra-rapide conçu pour manipuler des fichiers de séquences biologiques au format FASTA ou FASTQ. Il permet d'effectuer des opérations courantes comme le filtrage, le tri, la conversion ou l'extraction de séquences, facilitant ainsi l'analyse et le traitement de données génomiques à grande échelle.

MetagWGS est une pipeline d'analyse bioinformatique utilisant Nextflow pour le séquençage de génomes métagénomiques entiers. Il traite les données raw .fastq/.fastq.gz et/ou des assemblies (contigs) .fa/.fasta. Les modules du workflow comprennent le nettoyage et le filtrage des séquences, l'assemblage, l'annotation structurale et fonctionnelle des gènes.

Fastp est un outil bio-informatique permettant le prétraitement de données génomiques au format FASTQ. Il offre des fonctionnalités complètes telles que le contrôle qualité, la suppression d'adaptateurs, le recoupement, le filtrage et le tri des séquences.

Ce pipeline snakemake permet le traitement de données ATAC-seq en vue de l'analyse de régions fonctionnelles dans le génome. Il comprend des étapes de contrôle qualité, d'alignement sur le génome de référence, de filtrage des séquences, d'appel de pics et de visualisation sur le navigateur UCSC.

Seqkit est un outil en ligne de commande open-source et multiplateforme permettant la manipulation rapide et efficace de fichiers FASTA/Q. Il offre une grande variété de fonctionnalités pour l'analyse de données génomiques, telles que la recherche et l'extraction de séquences spécifiques, le filtrage, le tri, le regroupement et la fusion de fichiers.

Outil dédié à l'annotation et au filtrage de variants génétiques (SNV) issus de séquençage génomique complet, spécialement conçu pour les études familiales. Il facilite l'analyse des données génomiques en intégrant des informations spécifiques aux tissus cardiaques et aux populations européennes. Le projet permet d'identifier des variants rares partagés au sein d'une famille, en tenant compte des hypothèses de transmission génétique et des données de contrôle.

Outil dédié à l'annotation et au filtrage des variations génomiques (SNV) à partir de fichiers VCF issus de séquençages génomiques complets. Conçu pour faciliter l'analyse génétique dans le cadre d'études familiales, notamment pour le diagnostic de maladies cardiaques héréditaires en France. Permet d'identifier les variations partagées par les individus affectés et de générer des annotations spécifiques aux tissus cardiaques.

Filtlong est un outil en développement conçu pour faciliter le filtrage et le tri d'ensembles de données biologiques. Il permet de réduire la complexité des données de séquençage et d'améliorer l'efficacité des analyses de données génomiques.