Ce projet propose un pipeline computationnel pour analyser les relations de synténie entre génomes de différentes espèces. Il permet d'identifier les orthogroupes (groupes de gènes issus d'un même ancêtre commun) et de construire des arbres phylogénétiques. Le pipeline intègre des outils pour aligner des séquences génomiques, détecter des blocs synteniques et visualiser les résultats via des outils comme Synvisio et Jbrowse. Il est particulièrement utile pour les chercheurs en génomique comparative travaillant sur des espèces végétales ou animales.

Ce projet académique compare différentes méthodes de clustering (k-means, classification hiérarchique, clara, EM) appliquées à des données de transcriptomique. L'objectif est d'identifier des groupes de gènes corrélés pour comprendre des phénomènes de co-régulation ou d'association à des maladies. Les résultats sont analysés et comparés entre méthodes, puis enrichis via des ontologies de gènes pour évaluer leur pertinence biologique. Des visualisations et rapports détaillés sont générés pour faciliter l'interprétation des données.

Méthode de burden testing basée sur SAIGE pour identifier des associations entre des groupes de variants génétiques et des phénotypes complexes. Permet d'analyser des données génomiques à grande échelle en utilisant des modèles mixtes généralisés pour détecter des effets cumulatifs de variants rares ou fréquents sur des traits quantitatifs ou binaires.

L'algorithme d'héritage est un programme en ligne de commande écrit en Python qui permet d'attribuer à chaque groupe clonal (CG) un identifiant qui reflète le plus possible l'identifiant ST à 7 gènes des isolats correspondants. Cet algorithme utilise un ensemble de règles de dénomination qui priorisent l'ST le plus abondant observé parmi les isolats de chaque CG, ainsi que des règles supplémentaires en cas d'égalité.

Outil d'analyse d'équité dédié aux modèles de vérification faciale. Il permet d'évaluer objectivement si un algorithme traite équitablement différents groupes démographiques (genre, âge, ethnie) en calculant des métriques de performance et d'équité. Utilisé par les chercheurs et développeurs pour identifier et corriger les biais algorithmiques dans les systèmes de reconnaissance faciale.

Le projet CHI-KNOW-PO a pour objectif d'identifier des schémas de co-occurrence de champs lexicaux et de emprunts textuels à travers les genres dans la Chine médiévale, en se concentrant plus spécifiquement sur les plantes parmi d'autres thèmes. Le projet se déroule en trois étapes : la numérisation, l'édition et la publication d'une corpus d'anthologies poétiques, de commentaires, de dictionnaires, d'encyclopédies et de traités pratiques de la période médiévale chinoise (environ 200-1000 apr. J.-C.) ; la création d'une base de données avec des informations bio-bibliographiques et sémantiques utiles pour des fins d'édition et d'exploration de textes ; et le développement de scripts permettant d'effectuer des recherches, des filtres et des analyses statistiques personnalisés pour étudier la co-occurrence de mots et de groupes de mots dans des textes donnés et identifier d'éventuels cas de réutilisation textuelle.

Extension logicielle dédiée à l'analyse d'images biologiques qui permet d'extraire et d'analyser des groupes de pixels connectés dans des images 2D ou 3D. Elle identifie les objets en fonction de leur intensité et du fond, et génère des données exploitables pour des analyses ultérieures. Utilisée principalement en imagerie médicale et en recherche biologique, elle facilite la segmentation et la quantification d'éléments dans des images complexes.

Outil dédié à l'analyse et à la visualisation des statistiques de sauvegarde générées par les dispositifs Lima. Il permet de produire des graphiques (plots) à partir des fichiers de logs de sauvegarde pour évaluer les performances, identifier les goulots d'étranglement et optimiser les paramètres de stockage. Les visualisations peuvent être générées par fichier, par trame ou par groupe de fichiers.

CIsoP v3 est un pipeline bioinformatique conçu pour analyser et annoter les variants structurels (SV) dans les données de séquençage génomique. Il permet d'identifier les SV partagés entre individus d'une même famille, d'ajouter des annotations de fréquence allélique issues de GnomAD, et de générer des fichiers VCF pour chaque groupe de liaison identifié. L'outil prend en compte les intervalles de confiance des points de rupture des SV pour améliorer la précision des comparaisons.

Visio est un ensemble de projets liés à des outils open source de visioconférence (plugins, addons, etc. pour Jitsi, BBB, etc.). Ce projet vise à fournir une documentation générale sur ce groupe de projets. Les participants incluent DINUM, MTECT, MENJ, RENATER, FUN, ARAWA, MEFSIN et SNAPCOM. Les objectifs principaux comprennent la proposition d'outils performants pour les agents, la responsabilité environnementale, la souveraineté numérique, le respect du RGPD et du Cloud, la gestion des opérations DevOps, les projets interministériels de visioconférence, le partage des chantiers et l'identification des synergies sans entraver les avancées propres à chaque projet.