Ce projet vise à améliorer l'assemblage génomique de la petite mulette, une espèce d'eau douce en déclin, en utilisant des données de séquençage PacBio et Hi-C. L'objectif est de reconstruire un génome de référence à l'échelle chromosomique pour étudier les trajectoires démographiques d'espèces modèles et en déclin, afin d'éclairer les stratégies de conservation. Les analyses incluent le nettoyage des données, l'évaluation de la qualité des assemblages et la comparaison de méthodes de scaffolding.

Ce projet vise à améliorer l'assemblage du génome du tardigrade Paramacrobiotus fairbanski, une espèce à reproduction parthénogénétique. Il utilise des données de séquençage nanopore et des contacts HiC pour reconstruire des scaffolds plus longs et cohérents. Plusieurs outils comme YAHS, GreenHill ou AutoHiC sont testés pour optimiser la structure chromosomique et réduire les fragments résiduels.

Ce projet concerne l'assemblage et l'annotation du génome de la levure *Kuraishia capsulata* CBS 1993, à partir de données fournies par la source ENA. Il offre une vue d'ensemble de l'assemblage, comprenant des informations telles que le niveau d'assemblage, le nom, la longueur, le nombre de scaffolds, et la présence ou l'absence d'un génome mitochondrial. L'annotation dénombre les CDS, les pseudogènes, les ARNt, les ARNr et les éléments mobiles.

GenomOrder est un pipeline Nextflow qui réorganise et renomme les scaffolds à partir de jusqu'à 5 assemblages en utilisant une référence. Il est également capable de produire des fichiers de sauvegarde D-Genies permettant une comparaison visuelle rapide des chromosomes des assemblages par rapport à la référence. Ces fichiers peuvent être téléchargés et visualisés avec l'outil en ligne D-Genies.

Ce script utilise seqkit et sed pour rechercher des séquences N dans un génome et les découper en nouvelles séquences. Le résultat est au format fasta.