Ce pipeline Nextflow vise à aligner des marqueurs sur un génome de référence et à fournir des statistiques sur l'alignement. Il peut prendre en entrée un fichier CSV, FASTA ou VCF de séquences de marqueurs.

Minimap2 est un programme d'alignement de séquences polyvalent qui aligne des séquences ADN ou ARN contre une grande base de données de référence. Les cas d'utilisation typiques incluent : (1) la cartographie de lectures PacBio ou Oxford Nanopore sur le génome humain ; (2) la recherche d'overlaps entre lectures longues avec un taux d'erreur allant jusqu'à ~15% ; (3) l'alignement de lectures PacBio Iso-Seq ou Nanopore cDNA ou Direct RNA de manière sensible aux splice contre un génome de référence ; (4) l'alignement de lectures Illumina simples ou appariées ; (5) l'alignement d'assemblages entre eux ; (6) l'alignement de génomes entiers entre deux espèces étroitement apparentées avec une divergence inférieure à ~15%.

Ce projet permet l'analyse de transcriptomes par assemblage de génomes, alignment de séquences sur un génome de référence et quantification des transcrits. Il utilise des outils tels que Hisat2, Stringtie et MultiQC pour fournir une analyse complète et détaillée.

Hisat est un projet dédié à l'analyse de données génomiques. Il permet l'alignement de séquences d'ADN sur des génomes de référence et la recherche de variations génétiques. Il est conçu pour être précis, rapide et facile à utiliser.

Bowtie 2 est un outil ultra-rapide et économe en mémoire pour l'alignement de séquences de lecture sur de longues séquences de référence. Il est particulièrement adapté à l'alignement de lectures d'environ 50 caractères jusqu'à des centaines ou des milliers de caractères, et est particulièrement adapté à l'alignement sur des génomes relativement longs (par exemple, mammifères).

Ce projet vise à analyser des SNPs spécifiques liés aux caractères sexuels sur *Palinurus elephas* en utilisant le génome de *Palinurus ornatus* comme référence. Il comprend des scripts bash et R pour télécharger le génome de référence, aligner les séquences sur le génome et filtrer les résultats en fonction de certains critères, puis identifier les gènes situés aux coordonnées d'alignement.

Ce pipeline snakemake permet le traitement de données ATAC-seq en vue de l'analyse de régions fonctionnelles dans le génome. Il comprend des étapes de contrôle qualité, d'alignement sur le génome de référence, de filtrage des séquences, d'appel de pics et de visualisation sur le navigateur UCSC.

Genome_aln est un workflow écrit en Nexflow dsl2, optimisé pour les ressources informatiques et destiné à être utilisé sur une ferme informatique avec un scheduler Slurm. Il permet le prétraitement de données de séquençage d'ADN, y compris le contrôle de la qualité et le retranchement des adaptateurs, l'alignement des lectures sur un génome de référence, le filtrage des lectures et la normalisation des fichiers bigWig.

STAR (Spliced Transcripts Alignment to a Reference) est un logiciel de bioinformatique développé par Alexander Dobin. Il permet l'alignement de transcrits splicés sur un génome de référence, ainsi que l'analyse d'expression génique à partir de données de séquençage. Il est basé sur un conteneur Singularity et est distribué sous licence libre.