Le pipeline wf-illumina-nf permet d'effectuer le contrôle qualité de données issues de séquenceurs Illumina. Il s'utilise après le pipeline NGS_Illumina qui réalise le démultiplexage des données brutes. Le pipeline wf-illumina-nf requiert cinq éléments en entrée : un dossier avec des fichiers fastq par projet, le fichier SampleSheet.csv, le dossier des sorties Nextflow, le fichier de paramètres params.config et le fichier de configuration fastqScreen.

Ce projet décrit comment utiliser le logiciel CellRanger de 10x Genomics pour le démultiplexage, l'alignement et l'analyse de données d'expression génique à partir de cellules uniques, adapté à l'environnement du supercalculateur BiRD.

Pipeline bioinformatique construit avec Snakemake pour l'analyse de données NGS environnementales de métabarcoding d'ADN environnemental, y compris le démultiplexage, le filtrage et le clustering de séquences en Operational Taxonomic Unit (OTU). Il est initialement testé avec des échantillons d'ADN environnemental marin et est adapté à tout type d'organismes et d'environnements.

Pipeline d'analyse de données génomiques pour l'assemblage, le démultiplexage, la déréplication avec vsearch/cutadapt et l'attribution de taxonomie avec ECOTAG.

Pipeline bioinformatique pour l'analyse de données d'eDNA métabarcoding NGS, comprenant le démultiplexage, le filtrage, la déréplication et l'attribution de taxonomie (NCBI et taxonomie personnalisée) à l'aide d'obitools.