Ce projet consiste en un dépôt de données de test pour le workflow snakemake_rapidrun_swarm, permettant l'analyse de données métabarcoding issues de séquençage haut débit.

Ce projet contient les données nécessaires à un tutoriel sur l'analyse de données de métabarcoding produites sur des séquenceurs Illumina. Il permet aux utilisateurs de s'exercer à l'analyse de ces données et de comprendre les différentes étapes du processus.

Pipeline bioinformatique construit avec Snakemake pour l'analyse de données NGS environnementales de métabarcoding d'ADN environnemental, y compris le démultiplexage, le filtrage et le clustering de séquences en Operational Taxonomic Unit (OTU). Il est initialement testé avec des échantillons d'ADN environnemental marin et est adapté à tout type d'organismes et d'environnements.

Pipeline bioinformatique pour l'analyse de données d'eDNA métabarcoding NGS, comprenant le démultiplexage, le filtrage, la déréplication et l'attribution de taxonomie (NCBI et taxonomie personnalisée) à l'aide d'obitools.

L'atelier a pour objectif d'intégrer et d'analyser des données omiques hétérogènes via des approches statistiques en s'appuyant sur les packages R MOFA2 et mixOmics. Deux cas d'étude sont proposés, l'un sur des données métabolomiques et transcriptomiques de deux variétés de colzas soumises à un stress hydrique et parasitique, et l'autre sur des données RNAseq et metabarcoding (16S et 18S) d'une autre variété de colzas.

Recettes Singularity pour les pipelines bio-informatiques. Ce projet fournit des conteneurs de logiciels pour l'analyse de données en génomique et bio-informatique, en particulier pour le métabarcoding. Il inclut des conteneurs pour les outils OBITools, des outils utiles pour l'analyse de données eDNA, et une version de R avec des packages utiles pour l'analyse de données métabarcoding.

Beginning_obitools est un projet composé d'une collection de commandes Python conçues pour analyser les données eDNA métabarcoding à l'aide de séquenceurs Illumina. Il suit le tutoriel d'OBITools et permet de créer des paires de lectures, d'effectuer un filtrage, de démultiplexer les séquences et de les dédoublonner.

Le projet only_obitools est une reproduction de la pipeline bioinformatique utilisée par SPYGEN pour générer des données sur la présence environnementale des espèces à partir de données brutes d'eDNA. Cette pipeline est basée sur OBItools, un ensemble d'outils python conçus pour analyser les sorties de séquenceurs de nouvelle génération (illumina) dans le contexte de la métabarcoding d'ADN.

Ce projet est un pipeline bioinformatique utilisant NEXTFLOW pour l'analyse de données d'eDNA. Il est basé sur OBItools, un ensemble d'outils python conçus pour analyser les sorties de séquenceurs de nouvelle génération dans le contexte du DNA Metabarcoding.