Le projet calames-xslt est dédié à la transformation, au contrôle qualité et à l'affichage des données EAD (Encoded Archival Description) de Calames (Catalogue en ligne des archives et des manuscrits de l'enseignement supérieur).

FastQC est un outil d'analyse de données de séquençage haut débit. Il vise à fournir une méthode simple pour effectuer des contrôles qualité sur les données brutes issues de ces pipelines. Il propose un ensemble modulaire d'analyses qui permettent d'obtenir une première impression de la qualité des données et d'identifier rapidement d'éventuels problèmes avant d'entreprendre toute analyse plus poussée.

Genome_aln est un workflow écrit en Nexflow dsl2, optimisé pour les ressources informatiques et destiné à être utilisé sur une ferme informatique avec un scheduler Slurm. Il permet le prétraitement de données de séquençage d'ADN, y compris le contrôle de la qualité et le retranchement des adaptateurs, l'alignement des lectures sur un génome de référence, le filtrage des lectures et la normalisation des fichiers bigWig.

DiCoExpress est un espace de travail développé en R destiné aux scientifiques, sans expertise en statistiques, mais connaissant R, pour l'analyse de jeux de données RNA-seq. DiCoExpress effectue des contrôles de qualité, propose des analyses de modèles linéaires généralisés (GLM) avec une écriture automatisée des contrastes, permettant à l'utilisateur de répondre à plusieurs questions biologiques. Enfin, DiCoExpress réalise une analyse de co-expression à l'aide de modèles de mélange.

Ce projet propose un pipeline de traitement de données RNA-Seq pour passer des données brutes FASTQ à une table de comptage de gènes. Il inclut des étapes de prétraitement, de contrôle qualité, de mapping, de quantification et de détection de variants génétiques.

Ce projet vise à assurer la cohérence et la qualité des données sismologiques en détectant les anomalies et en effectuant des contrôles de qualité sur les enregistrements. Il permet d'améliorer la fiabilité des données pour une meilleure compréhension des phénomènes sismiques.

CELIA est un workflow bioinformatique utilisé pour automatiser les assemblages de génomes de procaryotes à partir de données Illumina. Il permet de faire un contrôle qualité des données, d'assembler le génome, de rechercher des contaminants, d'évaluer la qualité de l'assemblage, de faire une annotation structurale et de rechercher des antibiotiques et des métabolites secondaires.

Le projet thesaurus est une application permettant de gérer des thésaurus pour un catalogue de données géographiques. Il facilite la recherche de données en proposant des termes contrôlés et standardisés, améliorant ainsi la qualité des métadonnées.

Le projet gatk4 est un package bioinformatique utilisé pour l'identification de variations génétiques, telles que les SNPs et les indels, dans les données d'équ consequences germline et RNAseq. Il inclut des utilitaires pour le traitement et le contrôle de qualité des données d'équ consequences, ainsi que le populaire kit d'outils Picard. Sa portée s'étend maintenant à l'appel de variations somatiques courtes et à la gestion des variations du nombre de copies (CNV) et des variations structurales (SV).

Le pipeline wf-illumina-nf permet d'effectuer le contrôle qualité de données issues de séquenceurs Illumina. Il s'utilise après le pipeline NGS_Illumina qui réalise le démultiplexage des données brutes. Le pipeline wf-illumina-nf requiert cinq éléments en entrée : un dossier avec des fichiers fastq par projet, le fichier SampleSheet.csv, le dossier des sorties Nextflow, le fichier de paramètres params.config et le fichier de configuration fastqScreen.